La demande d'agrément est adressée au ministre chargé de l'agriculture. Elle mentionne le ou les produits et le ou les types de certification pour lesquels l'agrément est sollicité. Elle indique le nom permettant d'identifier, sur les étiquettes des produits certifiés, l'organisme certificateur, ainsi que, le cas échéant, la marque collective ou le signe distinct matérialisant la certification.

La composition du dossier de la demande est fixée par un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de la consommation. Le dossier, qui doit permettre de vérifier que l'organisme certificateur répond aux exigences du présent chapitre et qu'il a la capacité technique requise pour assurer la certification du produit, comprend notamment, outre les statuts et le règlement intérieur, les documents et informations relatifs à l'organisation et au fonctionnement de la cellule responsable, au sein de l'organisme, de la certification et du contrôle du produit, aux procédures de certification et de contrôle mises en oeuvre, aux sanctions applicables aux bénéficiaires de la certification, en particulier en cas de non-respect des cahiers des charges, ainsi que les moyens techniques et humains affectés au contrôle tant du produit que des processus de production et de transformation.

Le dossier précise, s'il y a lieu, la nature des opérations techniques qui sont exécutées par des sous-traitants pour le compte de l'organisme certificateur. Dans ce cas, il comprend, en outre, les références du sous-traitant et les documents établissant que celui-ci est accrédité dans les conditions prévues à l'alinéa 2 de l'article R. 643-2. Lorsque le sous-traitant est en cours d'accréditation ou lorsqu'il n'existe pas de programme d'accréditation approprié, le dossier inclut tous documents de nature à justifier que celui-ci présente les mêmes garanties que celles qui sont exigées de l'organisme certificateur.

Avant que la demande d'agrément ne soit examinée par la Commission nationale des labels et des certifications des produits agricoles et alimentaires, le ministre chargé de l'agriculture peut faire procéder, par ses services ou par des tiers, à une évaluation technique sur place.

L'agrément initial est accordé pour une durée de quatre ans. A l'issue de cette période, l'agrément peut être renouvelé, à la demande de l'organisme certificateur, par périodes de cinq ans.

L'agrément initial peut être accordé à un organisme certificateur dont la demande d'accréditation est encore en cours d'instruction, au vu d'un certificat d'accréditation provisoire délivré par l'instance chargée de l'accréditation.

Pendant la durée de validité de l'agrément initial, l'organisme certificateur est soumis au moins une fois par an à une évaluation technique sur place renforcée. En cas de renouvellement de l'agrément, des évaluations techniques sur place sont organisées tous les douze à dix-huit mois.

Tout changement dans les conditions d'exercice des activités à raison desquelles l'agrément a été obtenu est porté sans délai par l'organisme certificateur à la connaissance du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de la consommation. Ces derniers peuvent demander l'avis de la Commission nationale des labels et des certifications de produits agricoles et alimentaires sur la nature et l'importance du changement.

Lorsque les modifications envisagées ont des conséquences substantielles sur les conditions d'exercice des activités décrites dans le dossier d'agrément de l'organisme certificateur, les ministres peuvent soumettre l'organisme certificateur à une évaluation technique sur place.

Lorsqu'elles ont pour objet la délivrance, pour un même produit, d'un autre type de certification, les ministres prescrivent le dépôt d'une demande de complément d'agrément.

Lorsqu'elles ont pour objet d'étendre un type de certification à un nouveau produit, les ministres prescrivent le dépôt d'une demande d'extension d'agrément.

Les dossiers de ces différentes demandes sont constitués selon les modalités définies par l'arrêté mentionné au deuxième alinéa de l'article R. 643-3.

Avant de statuer sur les demandes de complément ou d'extension d'agrément, les ministres peuvent soumettre l'organisme certificateur à une évaluation technique sur place.