Les opérations financières et comptables du centre sont effectuées dans les conditions fixées par les articles 151 à 153 et 190 à 225 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

Toutefois, en ce qui concerne les crédits d'intervention, les ministres chargés de l'agriculture, de la formation professionnelle, de l'emploi et du budget peuvent fixer par arrêté les modalités particulières de contrôle applicables aux aides payables avant service fait, les conditions dans lesquelles le comptable peut exercer par sondages les contrôles prévus par l'article 12 du décret du 29 décembre 1962 ainsi que le dispositif de contrôle interne des procédures et des droits des bénéficiaires.

Le budget du centre est établi pour une période de douze mois commençant le 1er janvier.

Le budget fait apparaître dans deux sections distinctes les opérations relatives à l'exploitation et les opérations en capital. Il est présenté par chapitre, conformément à la nomenclature du plan comptable du centre. Un même chapitre ne doit comprendre que des dépenses et des recettes de même nature. Les dépenses relatives au fonctionnement du centre et celles afférentes aux interventions doivent être retracées dans des chapitres différents.

Le budget est préparé par le directeur général. Il est délibéré et voté par le conseil d'administration.

En recettes, le budget du centre comporte notamment :

a) Les contributions et subventions de l'Etat, de collectivités territoriales, d'établissements publics ou de la Communauté européenne ;

b) Le produit des prestations qu'il exécute ;

c) Le produit des actions de formation et de la vente de ses publications ;

d) Les produits financiers, l'intérêt et le remboursement des prêts et avances ;

e) Les revenus procurés par les participations financières et les produits de cession ;

f) Les emprunts ;

g) Le produit de l'aliénation des biens meubles et immeubles ;

h) Le produit des dons et legs ;

i) Toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements.

En dépenses, il comporte notamment les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement, les dépenses d'intervention et les contributions aux organismes auxquels est confiée l'exécution de certaines missions du centre.

Les crédits sont limitatifs.

Dans le cas où le budget n'est pas approuvé par le conseil d'administration ou les autorités de tutelle avant le début de l'année, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base des prévisions de l'exercice précédent. Toutefois, en cas de nécessité et après accord du membre du corps du contrôle général économique et financier, ces opérations peuvent être effectuées dans la limite du projet non encore approuvé, si elles résultent de l'application des mesures arrêtées pour le budget de l'Etat au titre des subventions allouées par celui-ci.

Des virements d'article à article peuvent être faits à l'intérieur des chapitres concernant le fonctionnement du centre avec l'approbation du membre du corps du contrôle général économique et financier. Des virements de chapitre à chapitre peuvent être faits avec l'approbation du membre du corps du contrôle général économique et financier lorsqu'il s'agit de dépenses d'intervention.

Les marchés conclus par le centre national sont passés dans les formes et conditions prescrites, pour les marchés de l'Etat.

Le directeur général peut créer des régies d'avances et de recettes dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les régisseurs sont nommés par le directeur général du centre, avec l'agrément de l'agent comptable.