Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées auprès du centre par arrêté concerté du ministre chargé du budget et du ministre de l'agriculture.

Le fonctionnement de ces régies est assuré conformément aux règles définies par le décret n° 64-486 du 28 mai 1964 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les régisseurs sont nommés par le directeur général du centre, avec l'agrément de l'agent comptable.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le directeur général du centre peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable, dans la limite des crédits budgétaires, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit sous sa responsabilité par certains agents du centre désignés par lui, après accord du directeur général.

L'agent comptable est tenu de justifier chaque mois les dépenses effectuées.

Au vu des justifications produites, le directeur général émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

Le fonctionnement financier et comptable du centre est assuré dans les conditions fixées par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, et notamment par ses articles 190 et 225, sous réserve des dérogations prévues par la présente section.

Le centre ne peut emprunter que dans les conditions fixées par arrêté concerté du ministre de l'agriculture et du ministre chargé du budget.

Le budget du centre est établi pour une période de douze mois commençant le 1er janvier.

Le budget fait apparaître dans deux sections distinctes les opérations relatives à l'exploitation et les opérations en capital. Il est présenté par chapitre, conformément à la nomenclature du plan comptable du centre. Un même chapitre ne doit comprendre que des dépenses et des recettes de même nature. Les dépenses relatives au fonctionnement du centre et celles afférentes aux interventions doivent être retracées dans des chapitres différents.

Le budget est préparé par le directeur général. Il est voté par le conseil d'administration et arrêté définitivement par le ministre de l'agriculture et le ministre chargé du budget.

En recettes, le budget du centre comporte notamment des subventions de l'Etat et, le cas échéant, d'organismes publics ou privés ; il comporte notamment en dépenses les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement, les dépenses d'intervention et les subventions aux organismes auxquels est confiée l'exécution de certaines des missions du centre.

Les crédits sont limitatifs.

Dans le cas où le budget n'est pas approuvé par les autorités de tutelle avant le début de l'année, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base des prévisions de l'exercice précédent. Toutefois, en cas de nécessité et après accord du contrôleur d'Etat, ces opérations peuvent être effectuées dans la limite du projet non encore approuvé, si elles résultent de l'application des mesures arrêtées pour le budget de l'Etat au titre des subventions allouées par celui-ci.

Des virements d'article à article peuvent être faits à l'intérieur des chapitres concernant le fonctionnement du centre avec l'approbation du contrôleur d'Etat. Des virements de chapitre à chapitre peuvent être faits avec l'approbation du contrôleur d'Etat lorsqu'il s'agit de dépenses d'intervention.

Les marchés conclus par le centre national sont passés dans les formes et conditions prescrites, pour les marchés de l'Etat.

Les ordonnateurs secondaires qui sont désignés le sont, à la demande de l'ordonnateur principal, par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre de l'agriculture.