L'Ecole nationale de voile et des sports nautiques comprend, sous l'autorité du directeur, un département de la formation, un département des stages et un service de l'administration.
Les chefs de département et le responsable du service de l'administration sont nommés par arrêté du ministre chargé des sports, sur proposition du directeur de l'Ecole nationale de voile et des sports nautiques.

Le département de la formation a pour missions :
1° De définir le contenu technique et pédagogique des stages de formation et de perfectionnement des personnes relevant du ministère, des stages de formation et de perfectionnement des cadres appartenant aux organismes agréés par l'État, des stages de formation professionnelle, préparant aux diplômes techniques fédéraux, aux brevets d'Etat ainsi qu'aux diplômes et concours conduisant aux carrières d'enseignant d'éducation physique et sportive ;
2° D'animer et de coordonner les expérimentations et recherches entreprises au sein de l'établissement ;
3° De prendre les contacts utiles avec les secteurs de la recherche extérieurs à l'établissement et de préparer les conventions et accords qui peuvent être passés avec ceux-ci ;
4° D'accueillir en accord avec le ministère des affaires étrangères et le ministère chargé de la coopération des stagiaires étrangers et de leur apporter l'assistance technique et pédagogique.
Le chef de ce département fixe l'encadrement des stages, établit et contrôle l'emploi du temps des enseignants remplaçant le directeur en cas d'absence ou d'empêchement de ce dernier.

Le département des stages a pour mission :
1° D'établir le programme annuel des stages ;
2° D'assurer l'accueil et le séjour des stagiaires ainsi que la préparation matérielle et le fonctionnement des stages et des manifestations sportives.
Le chef de ce département est responsable du service de documentation et de l'audiovisuel et du service des ateliers.

Le service de l'administration est chargé de la gestion administrative, financière et comptable de l'établissement.
Il est placé sous les ordres d'un fonctionnaire de catégorie A du corps de l'administration de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur.