Des aides à l'innovation peuvent être accordées par Bpifrance à des personnes physiques ou morales ou à plusieurs personnes agissant en association.
Ces aides peuvent être octroyées à tous les stades du processus d'innovation, notamment à l'occasion de la conception et de la définition des projets, du dépôt et de l'extension des brevets, de la réalisation d'études de marché et plus généralement d'études de faisabilité nécessaires à la définition et à l'organisation des projets, à l'expérimentation, au développement de produits, procédés nouveaux ou améliorés, aux innovations techniques nécessaires au développement de services nouveaux.
Elles peuvent également être octroyées pour la conception, la réalisation et la mise au point de prototypes, maquettes, préséries, installations pilotes ou de démonstration.

Les demandes d'aides à l'innovation sont évaluées en fonction du caractère innovant du programme, du potentiel de croissance et de création d'emplois, de l'intérêt économique des produits ou procédés, de la qualité technique du programme et de la capacité technique, industrielle, commerciale et financière du bénéficiaire.

L'octroi et la liquidation de l'aide à l'innovation sont subordonnés à la régularité de la situation des bénéficiaires au regard de leurs obligations sociales et fiscales.

Les dépenses de personnel, de fonctionnement et d'équipement retenues pour déterminer l'assiette de l'aide à l'innovation sont celles qui sont directement afférentes au programme d'innovation.
Seules peuvent être prises en considération les dépenses effectuées à partir de la date du dépôt du dossier.

Sauf dérogation accordée par le conseil d'administration dans le cas où l'intérêt de l'opération le justifie, le montant de l'aide à l'innovation ne peut dépasser 50 % du total des dépenses retenues. La décision d'attribution fixe le calendrier prévisionnel des versements et des remboursements, les taux de redevances sur les ventes de produits ou licences ainsi que les droits acquis par l'État pour le cas où le bénéficiaire renonce au programme prévu.
L'aide prend la forme d'une subvention, d'une avance remboursable ou de toute autre forme d'aide prévue par le conseil d'administration.

L'instruction des demandes d'aide est faite sous la responsabilité de Bpifrance. Elle peut être déléguée à tout organisme ou personnalité compétente. S'il y a lieu, l'instruction financière est faite par un établissement financier agréé par le ministre chargé de l'économie.

Les dispositions relatives à l'aide accordée font l'objet d'une convention conclue entre le bénéficiaire et Bpifrance.
La convention d'aide à l'innovation précise notamment comment les intérêts nationaux peuvent être préservés au cas où le bénéficiaire envisagerait de céder à l'étranger ou de ne pas exploiter tout ou partie des résultats du programme.
Le bénéficiaire s'engage à se soumettre au contrôle institué tant sur le plan technique que financier et à donner toutes facilités pour l'exercice de ce contrôle sur pièces et sur place. En cas d'association, les procédures de contrôle sont appliquées à chacun des participants au programme.
Si des événements extérieurs importants viennent remettre en cause l'intérêt économique du programme faisant l'objet de l'aide ou si des changements fondamentaux interviennent dans le statut ou le contrôle des bénéficiaires, la situation ainsi créée est examinée et les décisions initiales peuvent être modifiées.