Les dispositions relatives à l'aide accordée font l'objet d'une convention conclue entre le bénéficiaire et Bpifrance.
La convention d'aide à l'innovation précise notamment comment les intérêts nationaux peuvent être préservés au cas où le bénéficiaire envisagerait de céder à l'étranger ou de ne pas exploiter tout ou partie des résultats du programme.
Le bénéficiaire s'engage à se soumettre au contrôle institué tant sur le plan technique que financier et à donner toutes facilités pour l'exercice de ce contrôle sur pièces et sur place. En cas d'association, les procédures de contrôle sont appliquées à chacun des participants au programme.
Si des événements extérieurs importants viennent remettre en cause l'intérêt économique du programme faisant l'objet de l'aide ou si des changements fondamentaux interviennent dans le statut ou le contrôle des bénéficiaires, la situation ainsi créée est examinée et les décisions initiales peuvent être modifiées.