Le conseil scientifique du Muséum national d'histoire naturelle comprend trente membres :
1° Quinze personnalités qualifiées, n'appartenant pas au Muséum, nommées conjointement par les ministres chargés de la tutelle de l'établissement :
a) Cinq, dont deux appartenant à une institution étrangère, sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
b) Cinq, dont deux appartenant à une institution étrangère, sur proposition du ministre chargé de l'environnement ;
c) Quatre, dont une appartenant à une institution étrangère, sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
d) Une sur proposition du ministre chargé de la culture ;
2° Quinze membres élus, dont cinq au titre de chacun des deux premiers collèges, quatre au titre du troisième collège et un au titre du quatrième collège, mentionnés à l'article R. 353-6. Pour chaque membre titulaire, un suppléant est élu dans les mêmes conditions.
Le conseil scientifique élit un président parmi les membres mentionnés au 1° et un vice-président parmi les membres mentionnés au 2°. Le vice-président est chargé, en cas d'absence ou d'empêchement temporaire du président, de diriger les débats.
Les fonctions de membre du conseil scientifique sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration et avec l'exercice de fonctions de directeur au sein de l'établissement.
En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil scientifique se prononce et fait des propositions sur toute question scientifique relevant de la mission du Muséum national d'histoire naturelle définie à l'article R. 353-2.
Il est notamment consulté sur :
1° Les grandes orientations de la politique scientifique et culturelle du Muséum ;
2° Le projet stratégique et le contrat d'établissement ;
3° La création, la suppression des directions générales déléguées et des structures opérationnelles ;
4° Les programmes et contrats de recherche proposés par les diverses composantes de l'établissement ;
5° La répartition des crédits de recherche ;
6° Les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux et les projets de création ou de modification des diplômes d'établissement ;
7° Les programmes de formation initiale et continue ;
8° Le profil à donner aux emplois d'enseignant-chercheur et de chercheur vacants ou demandés ;
9° La création et la réforme des collections ;
10° Les modalités et les critères d'évaluation de l'établissement, de son activité et de ses agents.
En outre, il émet un avis sur toutes les questions qui lui sont soumises par le président du Muséum ou par les ministres de tutelle.
Il peut créer en son sein des commissions chargées de lui faire rapport.
Il adopte son règlement intérieur.

Les dispositions relatives aux mandat des membres du conseil d'administration, aux modalités d'élection des représentants des personnels et des usagers et aux règles de fonctionnement du conseil, respectivement fixées par les article, R. 353-4, R. 353-5, R. 353-6 et R. 353-8, sont applicables au conseil scientifique.

L'organisation interne et le règlement intérieur du Muséum sont définis par le conseil d'administration dans les conditions prévues au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.
Un département regroupe les équipes ou les unités de recherche qui mettent en œuvre la mission du Muséum, définie à l'article R. 353-2 du présent code, dans un champ scientifique donné.
Un service commun regroupe des compétences et des moyens spécifiques au service de l'ensemble de l'établissement.
Le responsable d'un département ou d'un service peut être assisté d'un conseil consultatif.
Des conventions prévoyant l'affectation de personnels de recherche ainsi que l'attribution de moyens peuvent associer des unités de recherche du Muséum, relevant de plusieurs départements, à des unités de recherche ou organismes extérieurs.

Le Muséum national d'histoire naturelle peut créer, avec d'autres établissements publics, un ou plusieurs services communs dans le champ de l'une des missions définies à l'article R. 353-2.
L'organisation et les modalités de gestion de ce service sont définies par convention. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement de rattachement au sein duquel le service établit son siège ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative qui assiste le directeur.
Ces services communs sont dotés d'un budget annexé au budget de l'établissement de rattachement.