L'organisation interne et le règlement intérieur du Muséum sont définis par le conseil d'administration dans les conditions prévues au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.
Un département regroupe les équipes ou les unités de recherche qui mettent en œuvre la mission du Muséum, définie à l'article R. 353-2 du présent code, dans un champ scientifique donné.
Un service commun regroupe des compétences et des moyens spécifiques au service de l'ensemble de l'établissement.
Le responsable d'un département ou d'un service peut être assisté d'un conseil consultatif.
Des conventions prévoyant l'affectation de personnels de recherche ainsi que l'attribution de moyens peuvent associer des unités de recherche du Muséum, relevant de plusieurs départements, à des unités de recherche ou organismes extérieurs.