Les ressources de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale sont constituées par des subventions de l'Etat et des ressources propres résultant notamment d'accords passés avec des établissements publics ou privés français, étrangers ou internationaux.
L'institut peut percevoir également une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie ayant pour objet le financement d'actions de recherche en santé, dans le cadre de thématiques définies avec le ministre chargé de la santé. Le montant, les orientations, les modalités de mise en œuvre de cette dotation et sa durée sont fixés par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget.

En application de l'article 190 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.