Le Centre national de la recherche scientifique est organisé en instituts.
Dans le cadre de la politique scientifique du centre, les instituts animent et coordonnent l'action d'un ensemble cohérent d'activités scientifiques relevant d'une ou plusieurs disciplines.
Les instituts organisent un réseau d'unités de recherche dans leur champ disciplinaire.
A ce titre, ils ont pour mission de :
1° Mener des recherches ;
2° Contribuer au développement de recherches entreprises dans les laboratoires relevant d'autres instituts ou d'autres personnes morales publiques ou privées.
Le ministre chargé de la recherche peut confier par arrêté aux instituts des missions nationales d'animation et de coordination dans un domaine scientifique.

Les instituts sont créés, supprimés ou transformés par décision du président du centre, après avis du conseil scientifique et approbation du conseil d'administration.
Le président du centre définit l'organisation et le fonctionnement de chaque institut.

Les instituts comprennent un conseil scientifique dont les attributions et la composition sont fixées par l'article R. 322-19.
S'ils sont investis d'une ou plusieurs missions nationales, les instituts comprennent un conseil d'orientation qui assure la représentation des différents opérateurs concernés. Les attributions et la composition du conseil d'orientation sont fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche.

Les instituts sont dirigés par un directeur nommé par le président du centre.
L'ensemble des directeurs d'institut, sous l'autorité du président, participent avec le conseil scientifique mentionné à l'article R. 322-25 à l'élaboration de la politique scientifique du centre. Ils mettent en œuvre les orientations scientifiques du centre dans le champ d'intervention de l'institut qu'ils dirigent.
Les directeurs des instituts peuvent être assistés d'un ou plusieurs directeurs adjoints, nommés par le président du centre, sur proposition du directeur de l'institut.

Un conseil scientifique d'institut conseille et assiste le directeur d'institut, de manière prospective, sur la pertinence et l'opportunité des projets et activités de l'institut.
Le conseil scientifique d'institut comprend, en nombre égal, des membres élus directement par et parmi les personnels du centre et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et des membres nommés par le président du centre, après avis du conseil scientifique mentionné à l'article R. 322-25, parmi lesquels des personnalités étrangères dont la moitié au moins exerce dans des pays de l'Union européenne autres que la France.
Le directeur de l'institut assiste de droit aux séances du conseil scientifique d'institut.
Le mandat des membres élus prend effet à la date de nomination des membres nommés par le président.
Le mandat des membres du conseil scientifique d'institut est d'une durée maximale de cinq ans, renouvelable une fois. Cette durée peut être réduite ou prorogée, dans la limite d'un an, par décision du président, pour les besoins de l'organisation des élections du comité national.
Le conseil scientifique d'institut élit son président.
Il se dote d'un règlement intérieur précisant ses modalités de fonctionnement.

L'Institut national de physique nucléaire et de physique des particules, l'Institut national des sciences de l'Univers et l'Institut des sciences mathématiques et de leurs interactions sont des instituts du Centre national de la recherche scientifique, au sens de la présente sous-section. Ils exercent des missions nationales.