Le Centre national de la recherche scientifique est organisé en instituts.
Dans le cadre de la politique scientifique du centre, les instituts animent et coordonnent l'action d'un ensemble cohérent d'activités scientifiques relevant d'une ou plusieurs disciplines.
Les instituts organisent un réseau d'unités de recherche dans leur champ disciplinaire.
A ce titre, ils ont pour mission de :
1° Mener des recherches ;
2° Contribuer au développement de recherches entreprises dans les laboratoires relevant d'autres instituts ou d'autres personnes morales publiques ou privées.
Le ministre chargé de la recherche peut confier par arrêté aux instituts des missions nationales d'animation et de coordination dans un domaine scientifique.

Les instituts sont créés, supprimés ou transformés par décision du président du centre, après avis du conseil scientifique et approbation du conseil d'administration.
Le président du centre définit l'organisation et le fonctionnement de chaque institut.

Les instituts comprennent un conseil scientifique dont les attributions et la composition sont fixées par l'article R. 322-19.
S'ils sont investis d'une ou plusieurs missions nationales, les instituts comprennent un conseil d'orientation qui assure la représentation des différents opérateurs concernés. Les attributions et la composition du conseil d'orientation sont fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche.

Les instituts sont dirigés par un directeur nommé par le président du centre.
L'ensemble des directeurs d'institut, sous l'autorité du président, participent avec le conseil scientifique mentionné à l'article R. 322-25 à l'élaboration de la politique scientifique du centre. Ils mettent en œuvre les orientations scientifiques du centre dans le champ d'intervention de l'institut qu'ils dirigent.
Les directeurs des instituts peuvent être assistés d'un ou plusieurs directeurs adjoints, nommés par le président du centre, sur proposition du directeur de l'institut.

Un conseil scientifique d'institut conseille et assiste le directeur d'institut, de manière prospective, sur la pertinence et l'opportunité des projets et activités de l'institut.
Le conseil scientifique d'institut comprend, en nombre égal, des membres élus directement par et parmi les personnels du centre et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et des membres nommés par le président du centre, après avis du conseil scientifique mentionné à l'article R. 322-25, parmi lesquels des personnalités étrangères dont la moitié au moins exerce dans des pays de l'Union européenne autres que la France.
Le directeur de l'institut assiste de droit aux séances du conseil scientifique d'institut.
Le mandat des membres élus prend effet à la date de nomination des membres nommés par le président.
Le mandat des membres du conseil scientifique d'institut est d'une durée maximale de cinq ans, renouvelable une fois. Cette durée peut être réduite ou prorogée, dans la limite d'un an, par décision du président, pour les besoins de l'organisation des élections du comité national.
Le conseil scientifique d'institut élit son président.
Il se dote d'un règlement intérieur précisant ses modalités de fonctionnement.

L'Institut national de physique nucléaire et de physique des particules, l'Institut national des sciences de l'Univers et l'Institut des sciences mathématiques et de leurs interactions sont des instituts du Centre national de la recherche scientifique, au sens de la présente sous-section. Ils exercent des missions nationales.

Les unités de recherche propres du Centre national de la recherche scientifique sont créées par décision du président du centre, après avis des instances compétentes du Comité national de la recherche scientifique.
Des unités de recherche relevant d'organismes extérieurs peuvent être associées au centre en vertu de conventions prévoyant notamment l'affectation de personnels de recherche ainsi que l'attribution de moyens par le centre.
La transformation d'une unité de recherche associée au centre en une unité propre et la transformation d'une unité propre en une unité associée requièrent l'accord des autorités de l'organisme extérieur intéressé.
Ces unités de recherche peuvent recevoir, sous forme de dotations globales, les crédits qui leur sont alloués au titre du fonctionnement, des missions et du petit et moyen équipement.

Les unités de recherche du Centre national de la recherche scientifique sont dotées d'instances consultatives, dénommées conseils de laboratoire, où sont représentés les personnels.
Des conseils de laboratoire peuvent être créés dans les unités associées mentionnées à l'article R. 322-21.

Les responsables des unités de recherche du Centre national de la recherche scientifique sont nommés par le président du centre, après avis des instances compétentes du Comité national de la recherche scientifique et du conseil de laboratoire. Les responsables des unités associées au centre sont nommés conjointement par le président du centre et par les autorités dont dépendent ces unités.
La durée maximale du mandat d'un responsable d'une unité de recherche mentionnée au premier alinéa est de cinq ans. Nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs en qualité de responsable de la même unité.
Lorsque le mandat du responsable d'une unité de recherche arrive à échéance avant la fin de la période pour laquelle cette unité a été créée, il peut être prorogé par décision du président du Centre national de la recherche scientifique jusqu'à la fin de cette période. La prorogation ainsi accordée n'entre pas dans le décompte des mandats consécutifs mentionnés au deuxième alinéa.
En cas de réorganisation conduisant à la suppression d'une unité de recherche, il peut être mis fin aux fonctions de son responsable dans les conditions définies au premier alinéa.

En cas de défaillance du responsable d'une unité de recherche dans l'exercice de ses fonctions, le président du Centre national de la recherche scientifique peut prendre toute mesure conservatoire qu'il juge utile au bon fonctionnement du laboratoire. Il en informe le conseil scientifique lors de sa plus prochaine séance.
Pour les unités de recherche associées, les mesures conservatoires sont prises avec l'accord des autorités dont elles dépendent.

Le conseil scientifique du Centre national de la recherche scientifique veille à la cohérence de la politique scientifique du centre, en liaison avec les instances scientifiques consultatives mentionnées aux articles R. 322-17, R. 322-22, R. 322-30 et R. 322-31.
Il donne son avis sur :
1° Les grandes orientations de la politique scientifique du centre ;
2° Les principes communs d'évaluation de la qualité des recherches et des chercheurs ;
3° La création ou la suppression de programmes intéressant plusieurs instituts, d'un institut ou d'une unité de recherche ;
4° Les propositions de nomination aux grades de directeur de recherche et de maître de recherche des personnels contractuels du Centre national de la recherche scientifique.
Le président rend compte annuellement au conseil scientifique de la mise en œuvre de ses recommandations.

Le conseil scientifique comprend :
1° Onze membres élus directement par les personnels propres du centre et par les personnes qui contribuent aux activités de celui-ci ;
2° Onze personnalités, dont trois appartenant au monde économique, nommées en raison de leur compétence scientifique par arrêté du ministre chargé de la recherche, sur proposition du président du centre ;
3° Huit personnalités scientifiques étrangères, dont cinq au moins exerçant leur activité dans un pays de l'Union européenne autre que la France, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche sur proposition des membres siégeant au titre du 1° et du 2°.
Le mandat des membres élus prend effet à la date de nomination des membres nommés au titre du 3°.
Le mandat des membres élus ou nommés est d'une durée maximale de cinq ans. Nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
Nul ne peut être membre du conseil scientifique s'il est membre du conseil d'administration du centre ou d'une section du Comité national de la recherche scientifique.
Le président du conseil scientifique est élu en son sein.

Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour après avis du président du centre.
Le président du centre assiste aux séances du conseil scientifique.
Les directeurs d'institut peuvent être entendus en tant que de besoin par le conseil scientifique
Le président peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Un arrêté du ministre chargé de la recherche fixe le mode d'élection et les règles de fonctionnement du conseil scientifique.
Le conseil scientifique définit son organisation interne.