Les transports s'effectuent par la voie ferroviaire en 1re ou en 2e classe. Le recours à la 1re classe peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient.

L'usage de la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient. Le transport s'effectue en classe économique.

Les titulaires d'une carte de réduction devront prioritairement en faire usage.

Dans les cas où elle est autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement, l'utilisation par l'agent de son véhicule personnel donne lieu à une indemnisation soit sur la base du tarif de transport public de voyageurs le moins onéreux lorsqu'il existe une liaison ferroviaire de bonne qualité, soit sur celle des indemnités kilométriques conformément aux dispositions prévues par l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.

L'autorisation d'utiliser un véhicule personnel peut être accordée dans les cas suivants :
- économie ou gain de temps ;
- absence occasionnelle ou permanente de transports en commun ;
- obligation de transporter du matériel lourd ou encombrant, attestée sur l'ordre de mission ;
- situations de handicaps permanents ou temporaires ;
- missions ou formations communes d'agents se rendant ensemble dans un même lieu ;
- véhicules de service indisponibles.

L'agent autorisé à utiliser un véhicule personnel doit détenir un permis de conduire valide et satisfaire aux conditions prévues en matière d'assurance telles que définies à l'article 1er du décret du 3 juillet susvisé.