Les transports s'effectuent par la voie ferroviaire en 1re ou en 2e classe. Le recours à la 1re classe peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient.

L'usage de la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient. Le transport s'effectue en classe économique.

Les titulaires d'une carte de réduction devront prioritairement en faire usage.

Dans les cas où elle est autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement, l'utilisation par l'agent de son véhicule personnel donne lieu à une indemnisation soit sur la base du tarif de transport public de voyageurs le moins onéreux lorsqu'il existe une liaison ferroviaire de bonne qualité, soit sur celle des indemnités kilométriques conformément aux dispositions prévues par l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.

L'autorisation d'utiliser un véhicule personnel peut être accordée dans les cas suivants :
- économie ou gain de temps ;
- absence occasionnelle ou permanente de transports en commun ;
- obligation de transporter du matériel lourd ou encombrant, attestée sur l'ordre de mission ;
- situations de handicaps permanents ou temporaires ;
- missions ou formations communes d'agents se rendant ensemble dans un même lieu ;
- véhicules de service indisponibles.

L'agent autorisé à utiliser un véhicule personnel doit détenir un permis de conduire valide et satisfaire aux conditions prévues en matière d'assurance telles que définies à l'article 1er du décret du 3 juillet susvisé.

L'agent en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 et 5 heures a droit au remboursement forfaitaire de ses frais d'hébergement (chambre et petit déjeuner sur présentation d'un justificatif de paiement).

Le taux du remboursement forfaitaire des frais d'hébergement est fixé à 60 euros pour l'ensemble de la métropole.

Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement.

L'agent perçoit l'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaires de repas, fixée à 15,25 euros par repas, s'il se trouve en mission pendant la totalité de la période comprise entre 11 heures et 14 heures pour le repas de midi et entre 18 heures et 21 heures pour le repas du soir.

L'indemnité de repas n'est pas attribuée lorsque l'agent est nourri gratuitement.

L'indemnité de repas est réduite de 50 % lorsque l'agent a pris son repas dans un restaurant administratif ou assimilé.

Les indemnités sont décomptées sur la base des horaires inscrits sur les titres de transport. Toutefois, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour se rendre au lieu où il emprunte le moyen de transport en commun et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une demi-heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à une heure en cas d'utilisation de l'avion.

Les frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de la mission, entre sa résidence administrative ou familiale et la gare ou l'aéroport, ainsi que ceux exposés sur le lieu de la mission sont remboursés sur production des justificatifs de la dépense.
En l'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie, l'agent peut bénéficier du remboursement de ses frais de taxi sur production d'un justificatif de paiement ou s'il utilise son véhicule personnel être indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.
Sur présentation des pièces justificatives, les frais de parc de stationnement, dans la limite de 5 jours consécutifs, ainsi que le péage d'autoroute sont également remboursables.

En l'absence de tout autre moyen de transport adapté, les frais de location d'un véhicule peuvent donner lieu à remboursement sur autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur présentation des pièces justificatives, dans les cas suivants :
- économie ou gain de temps ;
- absence occasionnelle ou permanente de transports en commun ;
- obligation de transporter du matériel lourd ou encombrant, attestée sur l'ordre de mission ;
- situations de handicaps permanents ou temporaires ;
- missions ou formations communes d'agents se rendant ensemble dans un même lieu ;
- véhicules de service indisponibles.

Sur autorisation expresse du directeur de l'ENIM ou de son représentant, en cas de déplacement urgent et non prévisible et d'impossibilité d'utiliser les transports en commun, l'utilisation du taxi peut donner lieu à remboursement sur présentation du justificatif de la dépense.