Le préfet de région est le représentant territorial de l'établissement pour son action dans la région, notamment dans les conditions fixées à l'article 59-2 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 modifié relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action de l'Etat dans les régions et départements.
Une convention, conclue entre le directeur général de l'établissement et le préfet de région, détermine, d'une part, les missions de l'établissement dont l'exercice est confié aux services déconcentrés de l'Etat compétents en matière d'agriculture au niveau régional, d'autre part, les moyens que l'Etat met à la disposition de l'établissement pour l'exercice de ces missions ainsi que les moyens et les personnels que l'établissement affecte à la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, en vue de l'accomplissement des missions de l'établissement dans la région.
Si nécessaire, les services déconcentrés d'une région peuvent exercer certaines missions de l'établissement au-delà du ressort de la région dans les conditions prévues à l'article 18 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004. Dans ce cas, la convention conclue entre le préfet de région responsable de ces services déconcentrés et le directeur général est soumise à l'avis des préfets des autres régions concernées.
Le directeur général de l'établissement adresse des instructions au représentant territorial pour l'accomplissement des missions confiées aux services déconcentrés de l'Etat.
Ces instructions s'inscrivent dans le cadre du dispositif d'audit et de contrôle interne de l'établissement.
Le représentant territorial peut donner délégation au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt pour signer les actes nécessaires à l'accomplissement des missions de l'établissement. Ce directeur peut lui-même déléguer sa signature aux personnels des services déconcentrés de l'Etat, qui apportent leur concours à l'établissement en vertu de la convention prévue ci-dessus, ainsi qu'aux agents de l'établissement affectés au sein des services déconcentrés de l'Etat. Le représentant territorial est l'ordonnateur délégué de l'établissement.