La subvention de fonctionnement par élève est constituée, selon le mode d'accueil, d'une part correspondant à l'externat simple et, lorsqu'il y a lieu, d'une deuxième part correspondant à la restauration et d'une troisième part correspondant à l'hébergement.
Le montant de chaque part est fixé par référence au coût moyen par élève des dépenses correspondantes des établissements d'enseignement technique agricole publics, calculé à partir d'une enquête quinquennale effectuée par le ministère chargé de l'agriculture, sur la base d'un échantillon de référence d'établissements d'enseignement technique agricole publics dont la répartition des formations est comparable à celle qui existe dans les établissements mentionnés à l'article L. 813-8 du code rural et de la pêche maritime.
Les dépenses mentionnées à l'alinéa précédent comportent les frais de personnel non enseignant et les dépenses de fonctionnement à la charge de l'Etat et des collectivités territoriales, selon les compétences qu'ils exercent à l'égard des établissements d'enseignement technique agricole publics.
Les parts représentatives des différents modes d'accueil sont fixées respectivement à 100 % pour l'externat simple, 60 % pour la restauration et 50 % pour l'hébergement des dépenses correspondantes des établissements publics constituant l'échantillon de référence.
Entre deux enquêtes quinquennales, la subvention est indexée dans des conditions déterminées par un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.
Chaque année, un arrêté des mêmes ministres fixe, selon le mode d'accueil des élèves, un montant moyen de subvention à l'élève identique pour toutes les associations ou organismes responsables d'établissements d'enseignement agricole privés.