Le président ou le directeur de l'établissement recrute le doctorant contractuel par contrat d'une durée de trois ans, sur proposition du directeur de l'école doctorale, après avis du directeur de thèse et du directeur de l'unité ou équipe de recherche concernée.

Le contrat doctoral est écrit, il précise sa date d'effet, son échéance et les activités confiées au doctorant contractuel prévues à l'article 5. La nature et la durée de ces activités peuvent être modifiées chaque année par avenant, après avis du directeur de l'école doctorale et du directeur de thèse.

Il prend effet dans l'année qui suit la première inscription en doctorat, sauf dérogation accordée par le conseil académique ou, dans les établissements non dotés d'un conseil académique, par le conseil scientifique de l'établissement employeur ou par l'organe en tenant lieu, siégeant en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et personnels assimilés.

Le contrat peut comporter une période d'essai d'une durée de deux mois. Durant cette période, le contrat peut être rompu par l'une ou l'autre des parties, sans indemnité ni préavis, par lettre recommandée avec accusé de réception.

Si l'inscription en doctorat n'est pas renouvelée, il est mis fin de plein droit au contrat de doctorant contractuel. Dans l'hypothèse où ce non-renouvellement est à l'initiative de l'établissement, la rupture du contrat s'effectue dans les conditions et avec les indemnités prévues au chapitre II du titre XI et au titre XII du décret du 17 janvier 1986 susvisé.