Les missions principales des ERIS sont les suivantes :

- participer au rétablissement et au maintien de l'ordre en cas de mouvements collectifs ou individuels de personnes détenues ;
- participer à l'organisation de fouilles générales ou sectorielles en assurant la sécurité globale de l'opération ;
- dissuader et prévenir les mouvements lorsque les détentions sont fragilisées soit par les suites d'un mouvement collectif, soit par l'affaiblissement momentané du dispositif de sécurité ;
- réaliser, en renfort d'escorte ou en escorte principale, le transfert administratif de détenus signalés violents ou sensibles ;
- les personnels titulaires peuvent participer à des actions de formation des personnels exerçant en établissement pénitentiaire, sous réserve d'être titulaires d'une habilitation de moniteurs ;
- participer à des échanges d'expertise technique avec d'autres forces de sécurité publique.

Par ailleurs, certains fonctionnaires des ERIS disposent d'une expertise particulière en matière de réalisation de dossiers d'objectifs et opérationnels.