Le contrôleur budgétaire établit un programme de contrôle a posteriori et d'analyse de circuits et procédures sur la base d'une analyse de risques constatés par le contrôleur budgétaire dans l'exercice de ses missions ou lors des travaux de contrôle interne budgétaire ou dans les conclusions d'audit. Les risques identifiés peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire tenue ou la soutenabilité de la programmation et de son exécution.
Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut proposer au contrôleur d'un organisme d'être associé à un contrôle a posteriori ou à une analyse de circuits et procédures.