L'Agence nationale pour la rénovation urbaine est administrée par un conseil d'administration composé en nombre égal, d'une part, de représentants de l'Etat et, d'autre part, de représentants des communes et de leurs établissements publics de coopération intercommunale compétents, des conseils généraux, des conseils régionaux, de l'Union d'économie sociale du logement, de l'Union nationale des fédérations d'organismes d'habitations à loyer modéré, de la Caisse des dépôts et consignations et de l'Agence nationale pour l'amélioration de l'habitat, ainsi que de personnalités qualifiées.

L'agence prend appui sur les préfets ou leurs représentants pour l'évaluation et le suivi social local des conventions passées avec les collectivités territoriales, les établissements publics de coopération intercommunale compétents ou les organismes publics et privés qui assurent la maîtrise d'ouvrage d'opérations de rénovation urbaine.