Le conseil scientifique se prononce sur les questions mentionnées à l'article L. 712-5 du code de l'éducation. Il fait des propositions dans le domaine de la recherche et de la diffusion des connaissances.

Il est notamment consulté sur :

1° Les grandes orientations de la politique scientifique, documentaire et patrimoniale du Muséum ;

2° La création, la suppression des départements, des unités de recherche et des services communs à caractère scientifique et la création et la réforme des collections ;

3° Les orientations générales de l'action éducative et culturelle de l'établissement et de l'information scientifique et technique ;

4° Les modalités et les critères d'évaluation de l'établissement, de son activité et de ses agents.

En outre, il émet un avis sur toutes les questions qui lui sont soumises par le président du Muséum ou par le directeur général.

Il adopte son règlement intérieur.

Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.