Le contrôle administratif du Centre national est assuré par le représentant de l'Etat dans la région où est situé le siège de ce centre dans les conditions prévues par la loi n° 82-213 du 2 mars 1982 relative aux droits et libertés des communes, des départements et des régions.

Le représentant de l'Etat met en oeuvre les procédures de contrôle budgétaire dans les cas prévus par le chapitre II du titre Ier de la même loi.