Le contrôle financier auquel est soumis l'établissement est assuré par un contrôleur financier désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité.

Le contrôleur financier suit les activités de l'établissement en vue d'identifier et de prévenir les risques budgétaires et financiers auxquels celui-ci est susceptible d'être confronté.

Le contrôleur financier suit la préparation et l'exécution du budget de l'établissement. Les projets de délibération ou de décision ayant une répercussion financière lui sont communiqués ; il fait connaître, en tant que de besoin, son avis sur ces projets. Il est informé des perspectives financières pluriannuelles ainsi que de leurs modifications.

Sont soumis au visa préalable du contrôleur financier, selon des modalités et seuils qu'il définit en concertation avec l'établissement :
- les décisions modificatives provisoires du budget ;
- les actes, arrêtés ou décisions ayant une incidence financière et relatifs au recrutement, à la promotion et à la rémunération des personnels, ou portant attribution de primes et indemnités diverses, ainsi que les accords salariaux ;
- les marchés, conventions, contrats ou commandes de toute nature ;
- les baux, avenants et renouvellements ;
- les projets d'acquisitions et aliénations immobilières ;
- les transactions.
Les décisions portant remise gracieuse et admission en non-valeur des créances non recouvrées sont soumises à l'avis conforme du contrôleur financier.

Les données permettant au contrôleur financier de suivre l'exécution du budget lui sont communiquées a posteriori. A ce titre, il reçoit notamment communication, selon une périodicité et des modalités qu'il détermine en concertation avec l'établissement, des documents suivants :
- les états retraçant l'exécution du budget en dépenses et en recettes ;
- la situation de la trésorerie ;
- l'état détaillé des effectifs permanents et non permanents et l'état détaillé des dépenses de rémunération ;
- les états des aides, subventions, prêts et garanties accordés ;
- les contrats et conventions générateurs de recettes pour l'établissement ;
- les tableaux de bord mis en place par l'établissement.

Le contrôleur financier doit, dans un délai de quinze jours à compter de la réception des actes soumis à son visa, soit donner ce visa, soit faire connaître les motifs de l'interruption du délai ou du refus de visa.
Il ne peut être passé outre au refus des visas du contrôleur financier que sur décision expresse du ministre chargé du budget.

Le contrôleur financier assiste avec voix consultative aux séances du conseil d'administration ainsi qu'à celles des commissions ou comités créés en son sein. Les convocations, accompagnées des ordres du jour et documents à examiner, lui sont adressées en même temps qu'aux membres du conseil. Les procès-verbaux lui sont adressés dès leur établissement.

Le directeur du budget et le directeur de l'Agence nationale de garantie des droits des mineurs sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.