L'autorité chargée du contrôle financier sur les agences de l'eau, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de chaque établissement. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec chaque agence de l'eau, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.

Le contrôleur a entrée avec voix consultative au conseil d'administration ainsi qu'à tout comité, commission ou organe consultatif existant en son sein. Il reçoit dans les mêmes conditions que leurs membres les convocations, ordres du jour et tous les documents qui doivent leur être adressés avant chaque séance. Les procès-verbaux lui sont adressés dès leur établissement. Il a également entrée, dans les mêmes conditions, au comité chargé de préparer le contrat d'objectifs et de moyens.
En accord avec l'établissement, le contrôleur peut également assister aux réunions des autres comités, et notamment de ceux chargés de préparer les programmes pluriannuels d'interventions.

Le contrôleur suit la préparation du budget et de ses décisions modificatives. A cette fin, l'établissement lui communique les informations nécessaires en temps utile. Il reçoit, à l'appui du projet de budget avec ses annexes, le document de performance, un état retraçant les grandes composantes de la masse salariale et les perspectives d'évolution la concernant, un échéancier prévisionnel des entrées et sorties de personnel permanent et non permanent. Il est informé des programmes pluriannuels d'interventions dont il reçoit une présentation détaillée des opérations d'investissement permettant de le renseigner sur la capacité d'engagement de l'établissement.

Le contrôleur suit l'exécution du budget. A cette fin, et pour l'exercice de sa mission générale de surveillance, il a accès à tous les documents se rapportant à son activité et à sa gestion. A ce titre, il reçoit notamment, selon une périodicité et des modalités qu'il fixe après consultation de chacune des agences de l'eau, les documents suivants :
- la prévision de répartition des crédits ouverts au budget et son actualisation ;
- les tableaux de bord relatifs à l'activité de l'établissement ;
- la situation de l'exécution du budget, en recettes et en dépenses, précisant notamment la consommation des crédits limitativement ouverts ; cette situation est complétée d'une actualisation des documents prévisionnels transmis à l'appui du projet de budget ;
- la situation des engagements ;
- la situation de trésorerie et l'état des placements ;
- les comptes rendus d'exécution des contrats d'objectifs et de moyens ;
- l'état des contrats de recrutement à durée déterminée et indéterminée ;
- l'état des actes, arrêtés et décisions portant nomination, détachement ou réintégration, avancement ou promotion de personnel ;
- l'état des recettes propres ;
- les informations relatives à la contribution de l'établissement à la performance des programmes dont il est opérateur ;
- les documents relatifs à l'organisation, aux procédures, au fonctionnement et au contrôle interne de l'établissement ;
- tout document relevant d'une cartographie des risques.

Dispositions relatives au visa et à l'avis.
5.1. Sont soumis au visa du contrôleur :
- les décisions modificatives d'urgences ;
- les conventions-types ;
- les détachements, les mises à disposition et le recrutement des agents contractuels recrutés selon les modalités du décret n° 2007-832 précité.
5.2. Sont soumis à l'avis préalable du contrôleur, selon des seuils et des modalités qu'il fixe en fonction des résultats de l'évaluation des circuits et procédures et après consultation de l'établissement :
- les actes de gestion du personnel non soumis au visa, les actes relatifs à la rémunération et à l'avancement du personnel ;
- les acquisitions et aliénations immobilières ;
- les contrats, conventions et marchés ;
- les prêts et subventions ;
- les décisions d'attribution de garantie ;
- les transactions, pour les cas où elles sont autorisées par une disposition législative ou réglementaire.
5.3. Le contrôleur doit délivrer son visa ou faire connaître son avis dans un délai de quinze jours à compter de la réception des projets d'acte ou de décision, accompagnés des pièces justificatives. Ce délai peut être interrompu par toute demande écrite d'informations complémentaires, nécessaires à l'instruction du dossier, formulée par le contrôleur. En l'absence de réponse de sa part à l'expiration de ce délai, son visa est réputé délivré ou son avis est réputé favorable.
Si le contrôleur refuse son visa, il fait connaître par écrit les raisons de son refus et en informe le ministre chargé du budget. L'ordonnateur ne peut passer outre à un refus de visa que sur autorisation du ministre chargé du budget.
Si l'ordonnateur ne se conforme pas à l'avis donné, il informe par écrit le contrôleur des motifs de sa décision.

Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à chaque agence de l'eau un programme annuel de vérification a posteriori. Indépendamment de ce programme, il peut à tout moment procéder à la vérification a posteriori d'un acte particulier.
L'agence de l'eau est tenue de communiquer, à la demande du contrôleur, tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.

S'il apparaît au contrôleur que la gestion de l'établissement remet en cause la soutenabilité de l'exécution budgétaire ou la couverture des charges obligatoires ou inéluctables, il en informe l'ordonnateur par écrit. L'ordonnateur lui fait connaître dans la même forme les mesures qu'il envisage de prendre pour y remédier.
Le contrôleur peut, en concertation avec l'ordonnateur et, le cas échéant, sur sa proposition, mettre en place un renforcement des contrôles pour une durée limitée. Il en rend compte au ministre chargé du budget.

L'arrêté du 26 mars 2004 relatif aux modalités d'exercice du contrôle financier de l'Etat sur les agences de l'eau est abrogé.

Le présent arrêté sera publié au Journal officiel de la République française.