Lorsque le ministre de la défense estime par une décision ne pas devoir suivre l'avis de la commission de qualification, il doit, dans le délai de deux mois qui suit l'envoi de l'avis de la commission compétente, transmettre, avec la décision précitée, le dossier à la direction centrale du service de santé des armées et en aviser en même temps l'intéressé.
L'avis favorable d'une commission nationale de spécialité peut être pris en compte pour la reconnaissance d'une qualification de spécialiste ou d'une option lors de l'inscription à un tableau de l'ordre.