La zone de rejet doit être suffisamment éloignée des espèces protégées et de leurs habitats pour ne pas entraîner de dégradation durable.
L'implantation et la gestion de la zone de rejet tiennent compte de la proximité des différents usages du milieu aquatique, notamment de la baignade, des activités conchylicoles, des cultures marines, de la pêche et de la navigation.