Les travaux menés par le Contrôle général économique et financier s'inscrivent dans des référentiels méthodologiques accessibles à tous ses membres, et donnent lieu à des exercices organisés dans le cadre de la programmation générale mentionnée aux articles 6 et 7.
Les conditions et méthodes de travail au sein du service garantissent l'indépendance de jugement de ses membres et leur liberté de plume. A cet effet, ces derniers respectent les exigences professionnelles que fixe le service en lien avec le comité stratégique. Ils veillent notamment à s'appuyer sur des éléments et des données de nature à fonder avec objectivité leurs constats et leurs propositions. Pour certains travaux, le recours à un relecteur référent ou à une revue par un comité des pairs est possible.
Le chef du Contrôle général économique et financier peut confier à des membres du service une fonction de référent thématique sur certains aspects de l'activité du service.