Le commandant du Centre national des sports de la défense est un officier général ou un officier de carrière d'un grade équivalent à colonel. Il assure également les fonctions de commissaire aux sports militaires.
Il dispose de conseillers dans les domaines suivants :
1° « Sport pour les relations extérieures » ;
2° « Santé » ;
3° « Sports équestres militaires » ;
4° « Sport et handicap » ;
5° « Sport et communication ».