Il peut être dérogé, à l'appui d'un certificat administratif du directeur de la structure ou du chef de service, à l'obligation de recourir au voyagiste dans les seules conditions suivantes :

- si le délai de commande est trop tardif pour permettre au voyagiste de réaliser la prestation et qu'il n'était pas possible de l'anticiper ;
- dans le cas où le voyagiste est dans l'impossibilité de fournir la prestation demandée ;
- dans le cas où le transport et/ou l'hébergement sont assurés par le ministère lui-même ou par un autre organisme (public ou privé).

L'agent en mission fait alors l'avance de ses frais. Il est remboursé dans les conditions définies à l'article 6 du présent arrêté.
Lorsqu'il bénéficie soit d'un transport, soit d'un hébergement, soit de repas à titre gratuit, l'agent en mission ne peut prétendre à l'indemnité correspondante.
Lorsqu'il bénéficie, à sa demande, de conditions de transport ou d'accueil différentes de celles retenues par l'administration, le complément éventuel est à sa charge.