Les instances représentatives du personnel du vice-rectorat de Mayotte demeurent compétentes jusqu'au prochain renouvellement général des instances représentatives du personnel de la fonction publique. Les mandats des membres de ces instances sont maintenus pour la même durée.
A compter du 1er janvier 2020 et jusqu'à ce renouvellement, ces instances sont placées auprès du recteur de l'académie de Mayotte.