L'allocation spécifique donne lieu à la perception de la cotisation prévue par le deuxième alinéa de l'article L. 131-2 et l'article L. 711-2 du code de la sécurité sociale.
Les cotisations pour pension à la charge de l'agent telles que définies à l'article L. 61 du code des pensions civiles et militaires de retraite ainsi qu'à l'article 2 du décret du 18 juin 2004 susvisé sont prises en charge par l'employeur. Ces cotisations ainsi que les cotisations et contributions pour pension dues par l'employeur sont calculées sur la base des éléments de la rémunération soumis à cotisation pour pension correspondant à l'indice brut afférent à l'échelon détenu par le militaire bénéficiaire.