Les certificats de contrôle sanitaire ou d'exemption de contrôle sanitaire émis sont conformes au modèle figurant en annexe V. Ils sont rédigés en français et en anglais et sont remis immédiatement après l'inspection au capitaine du navire avec le rapport d'inspection mentionné à l'annexe VI, rédigé en français et en anglais. Le rapport est joint au certificat. Il est fait mention de l'existence de ce rapport dans le certificat.
Le certificat indique les lieux où les signes d'infection ou de contamination ont été constatés à bord et, le cas échéant, les mesures correctives qui ont été prescrites et ou mises en œuvre. Si les mesures correctives sont appliquées en présence de la personne ayant réalisée l'inspection, elles sont mentionnées sur le certificat ainsi que la date de l'inspection.