En application de l'article D. 361-68 du code rural et de la pêche maritime, le fonds de mutualisation agréé envoie au ministre chargé de l'agriculture une demande d'aide dénommée « programme d'indemnisation » sous la forme d'un formulaire qui a fait l'objet d'un enregistrement auprès du Centre d'enregistrement et de révision des formulaires administratifs (CERFA).
Deux formulaires sont établis, l'un pour la demande de contribution financière de l'Union européenne prévue aux articles 36 et 38 du règlement (UE) n° 1305/2013 susvisé, l'autre pour la demande de contribution financière de la première section du Fonds national de gestion des risques en agriculture prévue par l'aide d'Etat SA.43200 (2015/N).
Ce programme d'indemnisation est déposé par voie électronique sur le site dont les coordonnées sont indiquées dans la notice explicative jointe au formulaire de la demande d'aide et transmis par voie papier au ministère chargé de l'agriculture.