Le secrétariat général est chargé de la gestion administrative et financière de l'Agence française anticorruption, en liaison avec le secrétariat général du ministère de l'économie et des finances et le secrétariat général du ministère de la justice. Il propose et met en œuvre la politique de communication institutionnelle et de relations publiques de l'agence. Il assure le secrétariat de la commission des sanctions et celui du conseil stratégique.