Au titre de la première année de fonctionnement, la présidence des sections paritaires est assurée par le membre le plus âgé parmi les représentants de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie..
Les représentants de l'Etat et de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie, nommés au sein du comité paritaire, sont également désignés pour composer, à ce même titre, le conseil de gestion. La présidence du conseil de gestion est assurée par Eric HAUSALTER, directeur adjoint de la Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés.