Un bilan technique national des opérations de prophylaxie de l'hypodermose bovine, précisant notamment la liste des zones répondant aux critères de zones assainies ou indemnes, est transmis annuellement à la direction générale de l'alimentation par le coordonnateur national des maîtres d'œuvre.
Après examen de ce bilan annuel et consultation éventuelle d'experts scientifiques, la direction générale de l'alimentation fixe la liste des zones assainies ou indemnes d'hypodermose bovine par instruction du ministre chargé de l'agriculture. Elle peut par ailleurs assigner aux maîtres d'œuvre des objectifs particuliers pour les campagnes de prophylaxie ultérieures.