Le service de navigation du Sud-Ouest est chargé des attributions précédemment confiées au service maritime et de navigation de la Gironde pour l'exercice des fonctions suivantes :
- la police de navigation, la gestion et la conservation du domaine public fluvial ;
- le développement, l'exploitation et l'entretien des voies d'eau.
Ces missions sont exercées sur les rivières suivantes :
- Garonne, sur 66 km (de la limite du département de Lot-et-Garonne jusqu'au pont François-Mitterrand, à Bordeaux) ;
- Dordogne, sur 110 km (département de la Dordogne : en rive droite, de Saint-Pierre-d'Eyraud à Castillon-la-Bataille ; département de la Gironde : en rive gauche, de Saint-Pierre-d'Eyraud jusqu'à l'estuaire) ;
- Isle, sur 31 km pour la partie navigable, et 25 km pour la partie rayée de la nomenclature des voies navigables.