Le président du comité est désigné par arrêté du ministre, sur proposition du président-directeur général de Météo-France, pour une durée de deux ans renouvelable.
Il est assisté d'un vice-président désigné par le président-directeur général de Météo-France parmi les représentants de Météo-France.
Il peut, en tant que de besoin, inviter à participer aux travaux du comité tout expert dont la présence est jugée utile.