La mission est placée sous la responsabilité d'un directeur opérationnel, M. Vincent Le Taillandier de Gabory, directeur d'hôpital de 1re classe, détaché auprès de l'agence régionale de l'hospitalisation d'Ile-de-France.
Elle comporte une équipe nationale composée de personnes qualifiées, d'experts, et de personnels de l'administration centrale, et des équipes régionales ou interrégionales placées auprès des agences régionales de l'hospitalisation.