Les caisses de mutualité sociale agricole sont soumises, pour les opérations du régime et sans préjudice de tous autres contrôles régulièrement institués, au contrôle du ministre chargé de l'agriculture.
Le contrôle du ministre chargé de l'agriculture s'exerce par l'intermédiaire du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles. Les inspecteurs et contrôleurs du travail compétents peuvent contrôler auprès des caisses départementales et pluridépartementales de mutualité sociale agricole l'ensemble des opérations du régime.
Le contrôle de la Cour des comptes s'exerce dans les conditions prévues par le chapitre IV du titre III du livre Ier du code des juridictions financières.