La sous-direction de l'appui à la tutelle et des affaires européennes assure une assistance administrative à la stratégie ainsi qu'à la qualité de la tutelle qu'exercent les départements sur les organismes de recherche.
La sous-direction de l'appui à la tutelle et des affaires européennes est constituée :
- du bureau de la réglementation et des statuts ;
- du bureau de la politique contractuelle et de la coordination de la tutelle ;
- du bureau de la programmation des moyens et des très grandes infrastructures de recherche ;
- du bureau des affaires européennes.