Les conseillers d'établissement exercent plus particulièrement les missions suivantes :
- ils conseillent les établissements pour l'élaboration des orientations stratégiques de leur projet et la définition de leurs priorités en matière de politique de formation, de recherche, d'ouverture internationale, de gestion du patrimoine, de gestion des ressources humaines et de gestion administrative et financière ;
- ils participent à la définition de la politique du ministère à l'égard des établissements dont ils assurent le suivi, dans le cadre des politiques nationales et d'aménagement du territoire universitaire ;
- ils animent la discussion contractuelle entre l'Etat et l'établissement dans ses diverses phases, favorisent la conclusion du contrat unique en s'assurant des concertations nécessaires ; ils accompagnent l'établissement dans la réalisation de son contrat.