Dans les deux cas cités à l'article 1er, l'exploitant adresse une demande écrite au préfet, après que celui-ci lui ait notifié le nouvel arrêté préfectoral d'autorisation, en cas d'installation nouvelle, ou l'arrêté modificatif, en cas d'extension de l'installation. Cette demande est accompagnée des justificatifs prévus à l'article 1er. Le préfet examine le caractère complet des justificatifs et le bien-fondé des demandes. Si la demande est complète, il la transmet au ministre chargé de l'environnement, accompagnée de son avis.
Pour les cas prévus aux I et II de l'article 4 du décret du 19 août 2004 précité, le ministre chargé de l'environnement, s'il considère la demande de l'exploitant justifiée, affecte par arrêté à celui-ci le montant de quotas pour le restant de la période de référence et en fixe la répartition annuelle.
Dans le cas prévu au III de l'article 5 du décret du 19 août 2004 précité, le ministre chargé de l'environnement, s'il considère la demande de l'exploitant justifiée, autorise celui-ci, par arrêté, à conserver le bénéfice des quotas affectés au titre de l'installation mise à l'arrêt, au prorata du volume d'émission de gaz à effet de serre correspondant à l'activité effectivement déplacée. L'arrêté fixe, pour le restant de la période de référence, le montant d'allocation ainsi que sa répartition annuelle.