Les ministres chargés du travail, de la santé, de l'agriculture et de l'écologie peuvent, à tout moment, retirer l'agrément au BERPC dès lors que celui-ci n'est plus en mesure d'assurer sa mission.
Le BERPC est avisé des motifs pour lesquels le retrait de l'agrément est envisagé et dispose d'un mois pour présenter par écrit ses observations.
En cas de retrait, le BERPC transfère l'ensemble des dossiers et leurs compléments éventuels dans les conditions et au lieu que lui indiqueront les ministres chargés du travail, de la santé, de l'agriculture et de l'écologie. Il reste tenu au respect de la confidentialité des informations dont il a eu connaissance.