L'association Estuaire Sud est agréée au titre de l'article L. 141-1 du code de l'environnement dans le cadre suivant : département de l'Eure pour les cantons de Beuzeville, Pont-Audemer et Quillebeuf ; département du Calvados pour les cantons de Honfleur, Pont-l'Evêque et Trouville-sur-Mer ; département de la Seine-Maritime pour les cantons du Havre, Gonfreville-l'Orcher, Saint-Romain-de-Colbosc et Lillebonne.