Lorsqu'elles sont effectuées au sein des établissements, ceux-ci disposent d'installations ou de lieux permettant de pratiquer des autopsies. Ces installations ou ces lieux sont nettoyés et désinfectés après l'autopsie.
Les établissements disposent d'équipements spécifiques permettant la conservation au froid des cadavres d'animaux qui ne peuvent faire rapidement l'objet d'une autopsie.