La mission scientifique, technique et pédagogique est chargée d'assurer les fonctions d'expertise et d'évaluation et les études prospectives en matière scientifique, technique et pédagogique sur les dossiers concernant les établissements d'enseignement supérieur ou les organismes de recherche.
La mission scientifique, technique et pédagogique comprend dix départements :
- le département mathématiques et leurs interactions ;
- le département physique ;
- le département sciences de la Terre et de l'univers, espace ;

- le département chimie ;
- le département biologie, médecine, santé ;
- le département sciences de l'homme et humanités ;
- le département sciences de la société ;
- le département sciences pour l'ingénieur ;
- le département sciences et technologies de l'information et de la communication ;
- le département sciences agronomiques et écologiques.