Les membres des commissions spécialisées sont indemnisés à hauteur de 3 vacations par journée pour les membres titulaires et suppléants quand ceux-ci sont convoqués et présents en plénière.
Les membres des commissions convoqués à venir à la Haute Autorité de santé en sus des réunions plénières perçoivent 3 vacations par journée, auxquelles peuvent s'ajouter 2 vacations supplémentaires en fonction du travail demandé.
Le nombre de vacations peut être fractionné par demi-journée.