Les nominations dans un emploi de chef de mission de l'agriculture et de l'environnement sont prononcées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture pour une durée de cinq ans, éventuellement renouvelable une fois dans le même emploi.
Le ministre chargé de l'environnement est consulté préalablement à toute affectation d'un chef de mission de l'agriculture et de l'environnement dans un service placé sous son autorité.