La sous-direction de l'archéologie, de l'ethnologie, de l'inventaire et du système d'information comprend :
- le département « recherche, méthodes et expertise » ;
- le département « système d'information de l'architecture et du patrimoine » ;
- la mission « archéologie » ;
- la mission « ethnologie » ;
- la mission « inventaire général du patrimoine culturel » ;
- le Centre national d'archéologie urbaine ;
- le Centre national de la préhistoire.