Les grands domaines d'intervention des agences de l'eau mentionnés à l'article L. 213-9-1 du code de l'environnement sont les suivants :
Domaine 1 : les actions de connaissance, de planification et de gouvernance qui rassemblent les instruments d'acquisition des données, la prospective, la communication et le soutien aux acteurs nationaux et internationaux de la politique de l'eau. Les dépenses propres des agences de l'eau relatives à leur fonctionnement et au personnel sont rattachées à ce domaine.
Domaine 2 : les mesures générales de gestion de l'eau dont l'application est invariante sur le territoire et visent à assurer la bonne application des textes français et européens, quel que soit l'état du milieu ou l'effet attendu sur le milieu. Ce domaine comprend également les dépenses spécifiques versées par les agences de l'eau au titre de la solidarité avec les communes rurales.
Domaine 3 : les mesures territoriales de gestion de l'eau qui viennent compléter les mesures nationales et sont motivées par la réalisation des objectifs de bon état de la directive-cadre européenne, la lutte contre les effets de la sécheresse et certaines mesures de protection contre les inondations.